Klasifikasi dan Taksonomi Mikroba

Sistim klasifikasi dan determinasi mikrobia yang menggambarkan sifat-sifat mikrobia.
Seluruh kegiatan pengklasifikasian, penamaan, dan pengidentifikasian mikrobia disebut “Sistematika Mikroba” yang meliputi :
  • Taksonomi/klasifikasi
  • Identifikasi
  • Nomenklatur
Kategori taksonomi menurut Bergey’s yang diakui/diterima internasional dengan hierarki/urutan sbb :
  • Spesies
  • Genus
  • Famili
  • Ordo
  • Filum/divisi
  • Kingdom/dunia
  • Kelas
Contoh klasifikasi prokariota uniseluler
  • Kingdom         :  Procaryotae
  • Filum               :  Bacteria
  • Kelas               :  Schizomycetes
  • Ordo                :  Actinomycetales
  • Famili              :  Mycobacteriaceae
  • Genus              :  Mycobacterium
  • Spesies            :  Mycobacterium tuberculosis
Penamaan mikroorganisme  atau nomenklatur sistim biner (diajukan oleh Linnaeus tahun 1753 yaitu :
menggunakan dua kata Latin genus dan spesies (epitheton specificum)
  • nama genus diawali huruf besar
  • nama spesies selalu dengan huruf kecil
  • selalu dicetak miring atau “digaris bawah secara terpisah”
Nama mikrobia dapat berasal dari kata baru atau nama penyelidik / penemu yang disesuaikan dalam bahasa Latin/dilatinkan (nama ilmiah), contoh :
  • Bacillus                                   : batang
  • Micrococcus                            : butir kecil
  • Clostridium                              : pintalan halus
  • Clostridium welchii                   : ditemukan oleh Welch
  • Pasteurella                              : dari nama Pasteur
  • Erwinia                                    : dari nama Erwin
  • Salmonella                              : dari nama Salmon
  • Salmonella typhi                      : merupakan penyebab tifoid
Nama mikrobia disebut sehari-hari (nama umum), contoh :
  • gonokokus / go                        : Neisseria gonorrhoeae
  • pneumokokus                          : Streptococcus pneumoniae
  • sifilis                                       : Treponemma pallidum
  • Hansen                                   : Mycobacterium leprae
  • Koch / tbc                               : Mycobacterium tuberculosis.
Keuntungan penggunaan nama umum antara lain memudahkan dan efektif dalam komunikasi antara dokter dengan pasien.
Spesies adalah suatu jenis mikroorganisme tertentu dan sudah ditentukan berdasarkan :
  • Sifat struktural : bentuk, ukuran, pergerakan, reaksi terhadap pewarnaan, pertumbuhan koloni (disebut klasifikasi morfologis), contoh : kokus, basil, vibrio, spirillum, spiroketa.
  • Sifat fisiologi : terhadap oksigen, suhu, pH, respon terhadap obat antibakteri, sifat imunologi, sifat ekologi (klasifikasi biologis).
    • Divisi: Protophyta
    • Kelas: Schizomycetes
    • Ordo: Pseudomonadales, Eubacteriales, Actinomycetales,Spirochaetales, Mycoplasmaetales.
  • Sifat biokimia : kebutuhan nutrien, produk metabolisme, komponen sel (klasifikasi biokimiawi).
  • Sifat genetik : komponen basa DNA (klasifikasi genetik) Klasifikasi Adanson (numerik).
Strain / galur : biakan murni mikrobia terdiri atas kelompok mikrobia satu keturunan (satu isolat),
Biotip/biovar : strain terpilih/terbaik untuk mewakili suatu spesies
Serotip/serocar, pathotip/pathovar, morphotip/morphovar, fagotip/ phagovar.
Taksonomi numerik, menggambarkan persamaan, kemiripan, dan perbedaan karakteristik mikrobia.
  • menentukan derajat hubungan antara jenis-jenis mikrobia menggunakan koefisien statistik
  • sifat-sifat yang sama atau berbeda menyumbangkan data yang sama pentingnya
  • derajat kesamaan strain A dibandingkan dengan strain B dinyatakan dengan indeks kesamaan.
Ns                                        S : indeks kesamaan
S  =  --------------  x  100 %       Ns : jumlah sifat yang sama
Ns – Nd                                Nd : jumlah perbedaan yg diamati
a                                          Sj :  jaccard similarity coefficient, menyatakan sifat-sifat positif  saja
Sj =  ------------                Ssm : simple matching coefficient, menyatakan sifat-sifat positif dan negatif
a+b+c
a + d                           a  :  jumlah sifat yg ada  pada kedua strain
Ssm =  --------------         b  :  jumlah sifat yg ada pada strain pertama
a+b+c+d                      c  :  jumlah sifat yg ada pada strain kedua
                                   d  :  jumlah sifat-sifat yg  tidak ada pada kedua strain.
Keuntungan taksonomi numerik  yaitu obyektif, prasangka bias/ subyektif taksonomiwan tidak terbawa dalam prosedur, serta hasil penemuan dapat diulang dengan prosedur dan data yang sama akan diperoleh hasil yang sama pula.
Taksonomi genetik  : untuk memperoleh informasi hubungan kekerabatan organisme satu dengan yang lain pada tingkat genetik, berdasarkan :
  • komposisi basa DNA
  • homologi sekuens DNA, rRNA
  • pola metabolisme stabil yang dikontrol gen
  • polimer-polimer pada sel
  • struktur organel dan pola regulasinya
Identifikasi mikrobia cara cepat
  1. CIE : countercurrent immuno electrophoresis, unsur-unsur khas mikrobia dideteksi dalam beberapa menit saja.
  2. GLC :  gas liquid chromatography, deteksi produk-produk metabolis me tertentu.
  3. Mikrokolorimetri, dengan menghitung pelepasan panas yang    terjadi untuk menghitung jumlah mikrobia cara cepat dalam bahan cair misal air kemih.
  4. Biometri luminesen, untuk menghitung adenin trifosfat mikrobia.
Sejumlah tertentu cairan yang diperiksa dicampur sediaan baku lusiferasa (sistim cahaya api dari serangga), maka kekuatan cahaya yang dipancarkan diukur untuk menentukan jumlah mikrobia dalam cairan tersebut.
Radiometri dengan glukosa C14 pada perbenihan gizi dasar yang berisi berbagai antibiotika, maka kepekaan antibiotika dapat diketahui dalam waktu 3 jam saja dan jenis antibiotika yang dianjurkan untuk pengobatan segera diketahui

0 komentar:

Poskan Komentar

Diberdayakan oleh Blogger.